L'intervento progettuale si focalizza su alcuni punti di interesse

- Integrazione dell'antico con il nuovo: l’insieme dell’intervento è stato concepito escogitando soluzioni architettoniche, paesaggiste e ambientali in grado di coniugare il valore dell’Hortus cinquecentesco con l’interesse della sua addizione contemporanea.

- Importanza dell’ accesso storico: il progetto prevede di mantenere e valorizzare l’accesso storico dell’Hortus; il Centro Visitatori è stato riprogettato nella stessa posizione e con la stessa volumetria, come punto di prima accoglienza, nel quale possano essere assunte le informazioni di base sulle molteplici prospettive di visita offerte dall’Orto Botanico, una volta che ne venga realizzata l’espansione. Nella zona dell’espansione, appena varcato il confine storico dell’Hortus, sono state collocati, in spazi adeguati, il bar, il bookshop, e i locali di ristoro, per la commercializzazione di oggetti legati alla vita delle piante.

- Ruolo e identità dei percorsi: i percorsi sono stati disegnati con il compito precipuo di indirizzare tematicamente gli itinerari di visita, pur lasciando ai visitatori la libertà di scegliere autonomamente i luoghi e le mete dei loro specifici interessi

- Architettura e paesaggio vegetale: il progetto architettonico è stato concepito in strettissima relazione con quello botanico. Le trame dei percorsi, l’articolazione delle parcelle e della specie, la forma del teatro verde, la posizione stessa indicata per le alberature di grande dimensione, sono stati progettati, nella prospettiva di generare un paesaggio nel quale architettura e mondo vegetale si integrano e si completano vicendevolmente.

- Valorizzazione delle acque: il sistema delle acque è stato considerato sia come risorsa da valorizzare, sia come ingrediente progettuale da utilizzare nelle parti da realizzare ex novo
- Risparmio del terreno vegetale: i nuovi manufatti didattico-espositivi e di servizio sono stati progettati in modo da non sottrarre con l’edificazione terreno vegetale altrimenti utilizzabile per sistemazioni botaniche. Questo ha portato alla concezione di un manufatto coperto da un tetto verde, facilmente praticabile, nel quale sia possibile organizzare un insieme di parcelle adatte alle piantumazioni botaniche connesse al percorso didattico la pianta e l’uomo

- La flessibilità: Gli ambienti destinati ad ospitare le sedi didattiche ed espositive sono stati concepiti dotandoli di un grado elevato di flessibilità interna.

- La spettacolarità delle serre: le serre sono state progettare come strutture in grado di coniugare l’efficienza e la corrispondenza ai programmi didattici e divulgativi proposti dall’Università, con la spettacolarità all’attrazione della loro architettura.

- Il restauro : La valorizzazione dell’antico hortus richiede un restauro che comprende demolizioni, rinnovamenti e riproposizioni, consolidamenti e manutenzioni. Le linee di lavoro seguite sono: individuazione degli ammaloramenti; valutazione della compatibilità degli usi assegnati; proposta di intervento, con individuazione delle metodologie più appropriate.

- La riqualificazione delle serre:  valorizzazione del le componenti originali residue, rimuovendo gli elementi deturpanti e sostituendoli con tecniche e materiali in armonia a quelli originali. L’attribuzione alle serre storiche di ruoli didattici con visita degli spazi antichi comporta il riuso dei luoghi interni, garantendo il superamento delle barriere architettoniche, la sicurezza e l’illuminazione dei percorsi e la modificazione degli impianti, delle aiuole e dei contenitori di vegetali, in funzione dello scopo didattico.​